レンタルサーバー比較をする際、何かと独自ドメインとの関係で借りるサーバーを選択することも多いことかと思います。
ドメイン取得をレンタルしたサーバー会社でまとめて取得した方が管理が楽ということで、そのまま取得するケースが多いようです。
確かに、レンタルサーバーによっては、持ち込みドメインは禁止のところもありますし、ドメインのDNS設定自体も、他社取得の場合はわかりずらいというケースが多いように思われます。
ただ、独自ドメインの設定自体は一度設定してしまえば、ほとんどほったらかし状態になるケースが多いです。私の場合でいうと、半年に一度ぐらい、サブドメインの追加やメールアドレス設定などでたまにログインするぐらいです。
そのようなわけで、一度設定してしまうと、あとはもうほったらかしでいいものですので、ドメインの取得自体はレンタルしたサーバーと同じところで取得する必要性はまったくないといってもいいかと思います。
なるべくなら、格安で取得でき、移管の際の自由度も高いドメインの取得事業者を選択されることをおすすめします。私のおすすめとしては、やはり、バリュードメインですね。